隱形墨水的原理其實十分簡單，主要是利用了化學反應中顏色變化的現象（一般常用的是酸鹼指示劑在酸性溶液或鹼性溶液中的顏色變化）。比如，常用來檢驗鹼的酚酞溶液，一般是無色透明的溶液，但遇到鹼性溶液時則會變成紅色。除了此原理之外，也可以利用其他化學反應來製作隱形墨水，比如沉澱反應、絡離子形成反應等。
隱形墨水是利用酸鹼指示劑在酸性或鹼性溶液中的顏色變化，應用化學變化中的酸鹼中和之原理和其它的化學反應如沉澱反應、氧化還原、絡離子形成及催化反應等現象配製的。爲了進一步揭開隱形墨水的祕密，以下僅以酸鹼型、沉澱型、絡離子型、氧化還原型及催化型等五種隱形墨水的配製與使用加以說明供作參考。
