亞馬遜河的源頭是在安地斯山脈區中一個海拔5,597米的密斯米雪山的一條小溪，距離的的喀喀湖約160千米，距利馬約700千米，密斯米雪山作爲源頭是在1971年第一次認定，後來更精確的源頭位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新確定。溪水先流入勞裏喀恰湖，再進入阿普里馬克河，阿普里馬克河匯入烏卡亞利河，烏卡亞利河再與馬拉尼翁河匯合成亞馬遜河主幹流。
從馬拉尼翁河的支流瓦利亞加河以下，河流就從安第斯山區進入沖積平原，從這裏到祕魯和巴西交界的雅瓦里河，大約有2400千米的距離，河岸低矮，兩岸森林經常被水淹沒，只是偶爾有幾個小山包，亞馬遜河已經進入了亞馬遜熱帶雨林中了。
由於亞馬遜河的流量巨大，所以距河口150千米內的海水都不鹹，海水含鹽量相當低，主河道有1.5到12千米寬，從河口向內河有3,700千米的航道，海船可以直接到達祕魯的伊基託斯，小一點的船可以繼續航行780千米到達阿庫阿爾角，再小的船還可以繼續上行。
亞馬遜河從北緯5度伸展到南緯20度，源頭在安第斯山高原中，離太平洋只有很短的距離，經過祕魯和巴西在赤道附近進入大西洋。
