菲律賓第一商港是馬尼拉港。位於呂宋島西南沿海巴石河口兩岸，瀕臨馬尼拉灣的東側，是菲律賓最大的海港。它是菲律賓的首都和全國政治、經濟、文化和交通中心。這裏集中了全國半數以上的工業企業，主要工業有製糖、榨油、碾米、紡織、肥皂、印刷、食品加工、製藥、捲菸等，還有卡車製造及小型鋼廠等。還集中了全國1/4的高等院校，其中包括菲律賓大學、聖托馬斯大學及遠東大學等。港口離國際機場約8km。
馬尼拉港：有南港、北港及國際集裝箱3個港區，主要碼頭泊位有26個，岸線長達2931米，最大水深11.6米。裝卸設備有各種岸吊、龍門吊、浮吊、集裝箱吊及滾裝設施等，其中岸吊最大起重能力達80噸。另有海上泊位系船浮筒6個，最大水深15米。港區倉庫面積達64萬平方米。國際集裝箱碼頭爲外貿專用碼頭，港口設施現代化，集裝箱吞吐量增長迅速。1993年集裝箱吞吐量達118.2萬TEU，比1992年增長10%，名列世界第21位。主要出口貨物爲大麻、食糖、椰油、菸葉、酒精、椰幹、皮張、菜油、木材及三合板等，進口貨物主要有機械、紡織品、食品、藥品、石油、水泥、大米及雜貨等。馬尼拉的進口貨物約佔全國進口貨物的4/5。
