1、列車序號區別：福州站負責始發G字頭高鐵、普快、快速、直達特快列車及部分D字頭動車組列車；福州南站負責始發和經停東南沿海鐵路的D字頭動車組列車及部分經合福高鐵去往上海。2、地方位置區別：福州站位於福州市晉安區華林路502號，是福建省客流量最大的火車站，現爲一等站，全路十大客運區域樞紐站之一。福州南站位於倉山區城門鎮臚雷村浦道街（浦頭道）自然村。
