伊犁鼠兔習慣羣居，挖洞或利用天然石隙羣棲。白天活動，常發出尖叫聲，以短距離跳躍的方式跑動；不冬眠，有儲備食物的習慣，當冬天來臨時，依賴所儲備的食物過冬；爲草食性動物，多以金蓮花、虎耳草、雪蓮等高山植物爲食。
近年來，隨着棲息地的面積縮小，伊犁鼠兔的數量也越來越少，總數不到1000只，比國寶大熊貓還要少。伊犁鼠兔的棲息地位於天山海拔在2800-4200米的陡峭裸岩壁縫和巖洞中。在長期的風雪和雨水沖刷下，陡峭裸岩石經常發生風化剝蝕和崩塌，動物的棲息環境越來越惡劣。伊犁鼠兔被隔離在各個山頭之間，形成彼此分割的孤島生活狀態，所以它們只能近親交配，導致伊犁鼠兔幼崽反應遲鈍、緩慢。
