忍者這個稱謂正式使用是在日本江戶時代，但忍者的歷史可以追溯到更加久遠的年代。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的是聖德太子。在當時，忍者普遍被稱爲“忍”，同時各個時代各個地區對忍者也有其特有的稱謂：如飛鳥時代稱爲“志能便奈良時代稱爲“斥候”，戰國時代叫法很多，其中流傳最廣是“亂波”，由武田信玄命名，而江戶時代使用的就是和今天一樣的“忍者”。
江戶時代是忍者這一名稱正式確立的時期，同時也是日本在德川家族統治下和平時期的開始，這導致忍者失去了活動的舞臺，作用越來越小，終至於淡出人們的視野。許多忍術也因而失傳。關於忍者活動的最後記載，是1637年的島原之亂，忍者作爲幕府的部下參與了這場戰鬥。
忍者的工作，主要是爲主君進行祕策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地等種種諜報活動。忍者在世時必須隱姓埋名，與黑暗爲伍，也不能留下隻言片語，以免日後東窗事發。因此，關於忍者的歷史記錄寥寥無幾，只發現忍術祕本中記錄了聖德太子身邊的一位忍者，忍者的起源也成爲一個歷史難題。
