鮮榨的西瓜汁如果用密封的瓶子裝好，能放在冰箱過夜，一般能保存兩天；如果沒有密封就放進冰箱，可以保存四到五小時。冰箱裏面雖然低溫，但細菌很多，因此，建議鮮榨果汁不要長時間存放在冰箱裏。
因爲西瓜富含葡萄糖、果糖、蔗糖、水分等多種營養物質，爲細菌的新陳代謝及生長繁殖提供了必備的原料和足夠的能量；再加上夏季高溫，又爲細菌繁殖提供了適宜的溫度與環境。存放在普通環境下的西瓜，其口感和外觀都會有很大改變，一些營養物質在高溫條件下也會被破壞，如西瓜中的維生素C，高溫及陽光都會使其流失；而如果放在冰箱等低溫環境內，則會減緩營養物質的釋放率，如西瓜中的番茄素和胡蘿蔔素等。
