阿壩縣的海拔高度爲3290米。阿壩縣地勢由西北向東南傾斜，西北年波也則山平均海拔4900米以上，境內最高峯5154米，終年積雪；北以鵝持下仍山爲天然屏障；東南部查理鄉境內有阿依拉山；北部和東部是廣闊的高原淺丘草地；西部和中部爲深丘狀草地，逐漸向南部高山峽谷林區過渡；高度由海拔5141朱遞減到2936米。地貌分爲東北丘狀高原、平坦高原區；中西部盆地、高原山地區；南部高、中山河谷林區三種不同地貌區域，並有高原山地向高山峽谷過渡的地貌特徵。地貌分爲東北丘狀高原、平坦高原區；中西部盆地、高原山地區；南部高、中山河谷林區三種不同地貌區域，並有高原山地向高山峽谷過渡的地貌特徵
氣候
阿壩縣境屬高原寒溫帶半溼潤季風氣候，春秋相連，於雨季分明。年均降水量712毫米，溼季（510月）降水集中，佔全年的89.6%。年平均氣溫3.3℃，日照充足，晝夜溫差大，全年無絕對無霜期，相對無霜期33天。
水文
阿壩縣地處青藏高原東部，巴前顏喀拉山槽區，位於川西高原北隅長江、黃河支流分水嶺河源地帶，地形複雜。縣境垮長江、黃河兩大水系，境內有麻爾曲河、阿柯河和賈曲河及其支流和溪溝以及大小海子（高原湖泊）。
