d90要自動對焦可以查看鏡頭上的自動對度焦選擇鍵至自動對焦位置。對焦鍵通常標記為A、AF、M/A，手動對焦標記為MF。一些機身上還有自動對焦選擇旋鈕，就在鏡頭卡口附近。D90對老式機身驅動的AF鏡頭和新答式鏡頭馬達驅動的AF-S鏡頭都能自動對焦。
