1、成立時間不同：軍統是1937年底成立，而保密局是1946年6月成立。
2、單位領導不一樣：軍統主要負責人是戴笠，而保密局主要負責人是毛人鳳。
3、全稱不一樣：軍統全稱國民政府軍事委員會調查統計局，簡稱軍統。而原軍統局核心系統改組為以毛人鳳為首的國防部保密局，簡稱保密局。
國務院主管全國保密工作的職能部門。1988年4月國務院機構改革，國務院設立國家保密局，為國務院部委歸口管理的國家局，是主管全國保密工作的職能部門。其主要任務是，加強保密工作方針、政策和理論的研究。不斷完善各項保密法規，逐步建立起完備的保密法規體系；抓好全國保密工作的宏觀管理、指導、檢查、組織、協調等工作，維護國家的安全和利益，保障改革開放和社會主義建設事業的順利進行。
