1、領取營業執照後未開展經營活動、從未獲得各級財政獎補項目且至始至終未發生債權債務，或是申請註銷登記前已將債權債務清算完結的農專社可選擇簡易註銷登記。
2、農民專業合作社聯合社、農民資金互助社不納入簡易註銷範圍。
3、有分支機構的農民專業合作社申請註銷登記，應當一併提交分支機構註銷登記申請文件或分支機構的註銷登記證明。
4、提交材料齊全的，並且符合法定形式的。申請人按照要求提交全部材料並且申請材料的，予以受理。然後審查，依法對申請人提交的申請材料進行審查，提出審查意見。如果是不屬於許可範疇或不屬於本機關職權範圍內的，不予受理。出具《不予受理通知書》，並且要説明理由。
5、各市場監管所要對連續兩個年度未年報農民專業合作社進行認真梳理，摸清底數。要通過發佈通知公告、到登記的住所或經營場所現場檢查等方式，逐一核實情況，依法開展清理工作。同時，將連續兩年未年報農民專業合作社信息推送税務部門，由税務部門幫助核查。
