灰原哀第一次出現是在129話“來自黑衣組織的神祕女子”中，這一集是特別篇，一共時長超過一個小時，柯南班級來了個轉校生，隨後發生了一起殺人案並結識了灰原哀。灰原哀是以一年級的學生身份出現的，她實際年齡比新一大一歲，先是少年偵探團遇到了一起案件，這次案件是四五個人販賣假藝術品，解決了後，灰原告訴了柯南自己身份是組織的人，代號雪莉。最後兩人解決了另一起殺人案後，灰原因為沒有去處只能留在博士家裏，和柯南一起上學，也成了柯南最重要的搭檔夥伴。
