生物體上的硬組織也能被保存下來。差不多所有的植物和動物都擁有一些硬部分，例如蛤、蠔或蝸牛；脊椎動物的牙和骨頭；蟹的外殼和能夠變成化石的植物的木質組織。生物體的堅硬部分由於是以能抵抗風化作用和化學作用的物質構成的，所以這類化石分佈的較普遍。無脊椎動物例如蛤、蝸牛和珊瑚等的殼是由方解石組成的，其中很多沒有或幾乎沒有發生物理變化而被保存下來。發生變化的就消失找不到動物的痕跡了。
