微生物導致食品變質，或者是食物中的液態水冷凍膨脹所致。食品殺菌不徹底、乾燥食品沒有充分乾燥等，在微量氧氣或高濕度環境下，微生物繁殖，易導致發黴、黴變、漲袋的問題。或是外包裝質量不合格，可使氧氣或水蒸氣進入成品包裝內部，促進微生物繁殖。
解決辦法：
1、優選原料，注意控制原料的微生物指標。雞蛋，麪粉，糖，油脂是產品的四大主要原料。雞蛋是微生物管控最有難度的環節，建議使用淨蛋；麪粉注意保藏及選用大型優秀企業作為供應商；糖類儘量採用不是微生物營養源的功能性糖；油脂採用精煉油。
2、工藝管理，完善車間及配料現場衞生管理。在此環節，細節的管理尤為重要，比如交接班工具清理，機械縫隙的衞生措施等。
3、烘烤之後冷卻處理合理。產品冷卻環境，關鍵兩點，一是濕度，相對濕度５０％為好；二是温度，到約３６°ｃ包裝較合適。當然，包裝環境的衞生也是首要條件。
