1、作用不同：分撥中心是物流行業運作的經濟活動組織。它是集加工、理貨、送貨等多種職能於一體的物流據點。轉運中心指以專門承擔貨物的卡車與卡車、卡車與火車、火車與輪船、卡車與飛機等不同運輸方式的轉運任務的物流中心。
2、運作方式不同：分撥中心的服務對象是為數眾多的生產企業和商業網點，分撥中心的作用是按照用户的要求，及時將各種已經配裝好的貨物送交到用户手中，滿足生產和消費的需要。轉運中心是實現不同運輸方式或同種運輸方式聯合（接力）運輸的物流設施，通常稱為多式聯運站、集裝箱中轉站、貨運中轉站等。轉運中心多分佈在綜合運網的節點處、樞紐站等地域。
3、職能不同：在配送實踐中，分撥中心憑藉其特殊的地位和其所擁有的各種先進的設備手段，能夠將分散在各個生產企業的產品（即貨物）集中在一起，而後，經過分揀、配裝向眾多用户發運。轉運中心的職能是將貨物集散與配載，集零為整、化整為零，針對不同目地進行配載作業。
