軟體著作權登記應在中國版權保護中心進行辦理。根據《計算機軟體著作權登記辦法》第九條規定,申請軟體著作權登記的,應當向中國版權保護中心提交以下材料:(一)按要求填寫的軟體著作權登記申請表;(二)軟體的鑑別材料;(三)相關的證明檔案。