北京交通大學研究生專業較好的有：交通訊息工程與控制、鐵路與鐵道工程、通訊與資訊系統、光學工程、橋樑與隧道工程、通訊工程、計算機應用技術、固體力學、土木工程、產業經濟學、電腦科學與技術、交通工程、電力電子與電力傳動、物流管理、交通運輸、管理科學與工程、系統分析與整合、交通運輸規劃與管理、訊號與資訊處理、土木工程、企業管理、機械工程及自動化。
