軍婚分居兩年不能自動離婚。法律上沒有自動離婚的說法。【法律依據】《婚姻法》第三十二條第二款:人民法院審理離婚案件,應當進行調解;如感情確已破裂,調解無效,應准予離婚。有下列情形之一,調解無效的,應准予離婚:(一)重婚或有配偶者與他人同居的;(二)實施家庭暴力或虐待、遺棄家庭成員的;(三)有賭博、吸毒等惡習屢教不改的。因此除非軍人自身同意離婚,否則如果軍人的配偶想要離婚的,必須要軍人有賭博、重婚等重大過錯,分居兩年是不適用軍人離婚的規定的。