毛黴是生產毛豆腐的主要菌種。毛豆腐是自然發酵後才有的菌落，並非菌種植入。
毛黴能分泌蛋白酶，將蛋白質分解生成氨基酸和多肽等，使食品具有獨特的風味和細膩的質地。毛豆腐的製作工藝與腐乳相似，而關於腐乳的降血壓功能已有多個研究報告。已有研究者研究日本腐乳和中國腐乳的ACE抑制活性。
上好的毛豆腐生有一層濃密純淨的白毛，上面均勻分佈有一些黑色顆粒，這是孢子毛豆腐是徽州地區（今安徽省黃山市一帶）的特色傳統名菜，是通過以人工發酵法，使豆腐表面生長出一層白色茸毛。由於豆腐通過發酵後使其中植物蛋白轉化成多種氨基酸，故經烹飪後味特鮮。
