日土縣隸屬於西藏自治區阿里地區，地處西藏西北部、阿里地區西北部，是邊境縣之一；地處東經78°7′－82°4′，北緯32°7′－35°4′之間，喀喇崑崙山和岡底斯山支脈橫穿全境，被稱為“世界屋脊的屋脊”。平均海拔4500米左右，最高海拔為6800米。屬高原性氣候。
