指山地區冬暖夏涼，不受寒潮侵襲，也不受颱風影響。由於獨特的氣候條件，使五指山生物種類繁多，植被分佈為熱帶自然景觀。土地組成以中酸性噴巖為主，加上歷年植被的枯枝落葉腐爛，土地較肥沃，適於熱帶和亞熱帶植物生長。
五指山由於海拔高，緯度低，森林密佈，光、熱、水資源豐富。此地氣候溫和，屬熱帶山區氣候。年平均氣溫22、4度，1月平均氣溫17度，7月平均氣溫26度，極端最高氣溫35、9度。年平均降雨量為1690毫米，極端最大年降雨量為2810、4毫米，極端最少年降雨量為1055、5毫米，年平均相對溼度為百分之八十四，年平均日照為2000小時左右，有“天然別墅”和“翡翠城”之稱。
