花椒用作中藥，有溫中行氣、逐寒、止痛、殺蟲等功效，治胃腹冷痛、嘔吐、洩瀉、血吸蟲、蛔蟲等症，又作表皮麻醉劑；治中寒腹痛，寒溼吐瀉，本品辛散溫燥，長於溫中燥溼、散寒止痛、止嘔止瀉；治外寒內侵，胃寒腹痛、嘔吐，可與生薑、白豆蔻等同用；治脾胃虛寒，脘腹冷痛、嘔吐、不思飲食，常與乾薑、人蔘等同用；治寒溼困中，腹痛吐瀉，多與蒼朮、砂仁，草豆蔻等同用，用於蟲積腹痛，有驅蛔殺蟲之功；治蟲積腹痛，手足厥逆，煩悶吐蛔，可與烏梅、乾薑、黃柏等同用，如烏梅丸，蟲積腹痛較輕者，可與烏梅、榧子、使君子等同用。