甲基藍和亞甲基藍的區別在於物質不同、用途不同、指示劑反應不同。1、物質不同：次甲基藍，甲基藍的代稱，是一種芳香雜環化合物；亞甲基藍是一種吩噻嗪鹽，正電荷不穩定。2、用途不同：次甲基藍，被用作生物染色劑，用於動物組織學中原生動物活體、細菌、神經細胞的染色。醫用消毒劑；亞甲基藍廣泛應用於化學指示劑、染料、生物染色劑和藥物等方面。3、指示劑反應不同：次甲基藍，深藍色粉末。系強酸性染色劑；亞甲基藍，無水亞甲基藍是金紅色閃金光或閃古銅色光的粉狀物，溶於水，酒精，氯仿，不溶於乙醚，其溶液為藍色。
