政府征收土地闲置三年的处理方式是：可以主张恢复耕种，连续二年未使用的，经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权；该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种。【法律依据】根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第三条，房屋征收与补偿应当遵循决策民主、程序正当、结果公开的原则。
