《怪醫黑傑克》的結局中，黑傑克查出當年爆炸案的真相，並通過蓮花的血液研製出治療新型病毒的血清，不僅拯救了所有人，還將血清命名爲本間血清，以此紀念本間醫生，他帶着皮諾可回到家鄉，在海邊重新建造了一所房子，與衆人一起快樂的生活着。
黑傑克之所以被稱爲怪醫，是因爲他醫術高超卻沒有行醫執照，而且脾氣古怪，總是向患者索要鉅額醫療費，雖然曾因此引起諸多爭議，但黑傑克心中有一套自己的行醫標準，他一直我行我素，救人於危難之中。
在黑傑克小時候，父親便拋棄了他和母親，但他們卻因父親牽扯進黑暗組織的陰謀中，母子倆踩中炸彈，母親不治身亡，在本間醫生的救治下，黑傑克才得以保住性命，但他臉上、身上卻留下許多傷疤，從那之後，黑傑克便立志成爲一名醫生。
其實，當初父親拋棄他們母子是有苦衷的，就是爲了不讓黑傑克及其母親再受到傷害，母親臨終前，讓黑傑克原諒父親，因爲她理解自己的丈夫，可黑傑克卻無法原諒父親，還在其第二任妻子蓮花燒傷後將她整容成母親的模樣，以此報復父親。
黑傑克的父親死後，他還是原諒了父親，但蓮花以及全滿德卻成爲黑傑克最大的對手，全滿德一心研發長生不死藥，不惜拿無辜的人做實驗，但他最後也自食惡果，和其他人一起感染了新型病毒，危在旦夕。
爲了保護黑傑克，全滿德和蓮花對峙，父女倆向對方各開一槍，全滿德不治身亡，蓮花還有一息尚存，即便她曾處處針對黑傑克，但黑傑克還是爲她進行了手術，在手術過程中，他發現了蓮花血的功效，研製出治療病毒的血清。
